تتبع إدارة التدقيق الداخلي رئيس الهيئة وتختص كما ورد في القرار الأميري رقم (38) لسنة 2014 بتنظيم الهيئة العامة للتقاعد والتأمينات الاجتماعية بما يلي:

1- وضع مشروع خطة التدقيق السنوية على الوحدات الإدارية بالهيئة، ورفعها للرئيس لاعتمادها، وإعداد تقارير بنتائج التدقيق.
2- مراقبة مدى الالتزام بتنفيذ القوانين واللوائح والقرارات المتعلقة بأنشطة الهيئة.
3- مراقبة المستندات المالية من سندات قبض وسندات صرف وسندات قيد وغيرها بعد الصرف.
4- مراجعة التعليمات المالية، واقتراح ما يلزم لها من تعديلات، ومراقبة تنفيذها.
5- مراقبة إجراءات تعيين الموظفين، وإجازاتهم، وترقياتهم، وغير ذلك مما يتعلق بشؤون الموظفين، والتحقق من الالتزام بالقوانين واللوائح والقرارات المنظمة لذلك.
6- التأكد من سلامة الأموال والعهد والأثاث والأدوات والمباني والموجودات الأخرى التي تملكها الهيئة أو تخضع لإشرافها.
7- الاشتراك في جرد محتويات المخازن والعهد الأخرى.