يتبع مكتب حسابات صناديق التقاعد والتأمينات الاجتماعية رئيس الهيئة وتختص كما ورد في القرار الأميري رقم (38) لسنة 2014 بتنظيم الهيئة العامة للتقاعد والتأمينات الاجتماعية بما يلي:
1- تنفيذ القوانين واللوائح والنظم والقرارات المالية والإدارية المتعلقة بالصناديق.
2- إعداد مشروع الموازنة التقديرية السنوية للصناديق، بالتنسيق مع الوحدات الإدارية المعنية، والإشراف على تنفيذها.
3- مراجعة واعتماد وتسجيل مستندات الصرف والقبض والتسوية، وسائر المعاملات المالية الأخرى للصناديق.
4- مسك السجلات والمستندات المالية والمحاسبية لعمليات الصندوق.
5- متابعة تنفيذ أعمال الاعتمادات، وتدقيق الإيرادات التأمينية والاستثمارية والنفقات التأمينية، بالتنسيق مع الوحدات الإدارية المعنية.
6- متابعة حركة الحسابات المصرفية للصناديق وإجراء المطابقة اللازمة.
7- متابعة الحسابات المدينة والدائنة، وإعداد التسويات المتعلقة بها.
8- إعداد ميزان المراجعة الشهري والسنوي، وإجراء المطابقة والمراجعة اللازمة مع الجهات المختصة.
9- إعداد التقارير المالية الدورية والسنوية للصناديق.
10- إعداد البيانات المالية المرحلية والختامية للصناديق.