تتبع إدارة التقاعد رئيس الهيئة وتختص كما ورد في القرار الأميري رقم (38) لسنة 2014 بتنظيم الهيئة العامة للتقاعد والتأمينات الاجتماعية بما يلي:

1- تنفيذ القوانين والأنظمة المتعلقة بالتقاعد في قطاعي العمل المدني والعسكري.
2- احتساب المعاشات الشهرية، وأيّة منافع تأمينية تستحق لصاحب المعاش أو المستحق عنه، استناداً لأحكام القانون والأنظمة السارية.
3- التنسيق مع الجهات المختصة فيما يتعلق بحالات الوفاة، والعودة للعمل لصاحب المعاش وتغيير الحالة الاجتماعية والعمل للمستحقين.
4-  تسجيل وتحديث بيانات أصحاب المعاش والمستحقين عنهم، ومتابعة أوضاعهم للتأكد من استمرار استحقاقهم للمعاش، وفقاً لأحكام القانون والأنظمة السارية.
5-  احتساب مبالغ المديونية المستحقة على صاحب المعاش أو المستحق عنه، ومتابعة تحصيلها.
6- متابعة تحويل المعاشات العسكرية إلى الحسابات البنكية وفقاً للتعليمات المحددة.

وتتألف إدارة التقاعد من الأقسام التالية والواردة بقرار وزير المـالية رقم (26) لسنة 2015 بإنشاء أقسام في الوحدات الإدارية التي تتألف منها الهيئة العامة للتقاعد والتأمينات الاجتماعية وتعيين اختصاصاتها:

1- قسم حسابات التقاعد المدني

2- قسم متابعة التقاعد المدني

3- قسم التقاعد العسكري.